ประวัติความเป็นมา........        
             ตำบลหนองขนาก ตั้งอยู่ทางใต้ของอำเภอท่าเรือ เดิมตำบลนี้เป็นพื้นที่ราบลุ่มน้ำท่วมขัง ทำให้มีหนองน้ำขนาดใหญ่เป็นที่อยู่อาศัยของสัตว์น้ำนานาชนิด โดยเฉพาะในหนองน้ำมีพันธุ์พืช
น้ำชนิดหนึ่งคือ "ต้นกก" ขึ้นอยู่เต็มแน่นขนัดไปทั่วหนองน้ำ ชาวบ้านบริเวณแถบนั้นเรียกต้นกก
ชนิดนี้ว่า "ต้นกกหนาก" ต่อมาได้เรียกชื่อรวม ๆ บริเวณนี้ว่า "หนองขนาก" ซึ่งหมายความว่า
หนองน้ำที่มีต้นกกขนาก เมื่อได้จัดตั้งเป็นตำบลจึงใช้และเรียกชื่อตำบลนี้ว่า "ตำบลหนองขนาก"

สภาพทั่วไปของตำบล ......
          ตำบลหนองขนาก เป็นที่ราบลุ่ม และที่ราบสูงมีคลองชลประทาน (คลองระพีพัฒน์) ไหลผ่านกลางตำบลพื้นที่เหมาะแก่การทำนาและพืชไร่ อายุสั้น

 อาณาเขตตำบล ติอต่อกับเขตอำเภอต่างๆ ทั้ง 4  ทิศ คือ
            ทิศเหนือ             ติดกับ ตำบลท่าเจ้าสนุก ตำบลจำปา ตำบลท่าหลวง อำเภอท่าเรือ                                            จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
            ทิศใ้ต้                ติดกับ ตำบลไผ่ล้อม อำเภอภาชีและตำบลปากท่า อำเภอท่าเรือ
                                           จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
            ทิศตะวันออก        ติดกับ ตำบลท่าหลวง อำเภอท่าเรือและตำบลดอนหญ้านาง อำเภอภาชี                                      จังหวัดพระนครศรีอยุธยา และตำบลหนองแซง อำเภอหนองแซง จังหวัดสระบุรี
            ทิศตะวันตก          ติดกับ ตำบลปากท่า และตำบลศาลาลอย อำเภอท่าเรือ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา